| 平成12年７月 | 福岡県教育委員会、県立高等学校再編整備に関する第１次実施計画骨子を発表 |
| 平成12年12月 | 県立高等学校再編整備に関する第１次実施計画において、門司及び門司北の２校を統合し、中高一貫教育校とすることが発表された平成12・13年度中高一貫教育実践研究校として、門司高等学校及び門司北高等学校が文部科学省・県の指定・委託を受ける平成14・15年度中高一貫教育実践研究校として、門司高等学校及び門司北高等学校が文部科学省・県の指定・委託を受ける福岡県教育委員会、中高一貫教育校概要発表 |
| 平成14年11月 | 第２学区中高一貫教育校設立準備室を門司北高校にて創設 |
| 平成15年９月 | 福岡県教育委員会学校名（「福岡県立門司学園中学校（案）」）発表 |
| 平成15年11月 | 福岡県立門司学園中学校設置、第２学区中高一貫教育校設立準備室長坂口秀俊、初代校長に補せらる |
| 平成16年４月 | 開校式・第１回入学式 |
| 平成18年４月 | 第２学区新高校準備委員会設置 |
| 平成18年11月 | 第２学区新高校設立準備室を門司高校にて創設 |
| 平成19年４月 | 福岡県立門司学園高等学校設置（門司高校校地） |
| 平成23年４月 | 坂口秀俊校長退職により、教育庁参事兼指導主事固谷寛、本校校長に補せらる |
| 平成24年４月 | 福岡県立門司学園高等学校校地移転（門司学園中学校地） |
| 平成25年11月 | 創立１０周年記念式典を挙行 |
| 平成27年４月 | 固谷寛校長転補により、小倉聴覚特別支援学校校長田中浩子、本校校長に補せらる |
| 平成28年４月 | 田中浩子校長転補により、高校教育課主任指導主事平井秀典、本校校長に補せらる |
| 平成31年４月 | 平井秀典校長転補により、北九州視覚特別支援学校校長井上英彦、本校校長に補せらる |
| 令和３年４月 | 井上英彦校長退職により、北九州視覚特別支援学校校長青木喜人、本校校長に補せらる |
| 令和５年４月 | 青木喜人校長退職により、小倉高等学校副校長中島一生、本校校長に補せらる |
| 令和６年４月 | 中島一生校長転補により、行橋高等学校校長関山尚美、本校校長に補せらる |
